关键词:中药数据库,系统药理学,网络药理学,系统生物学,中药
现代医学和传统中医药学之间的一个鸿沟就是目前对于中药的作用机制的理解和认识还比较模糊。为了有效地将二者融合起来,研究人员迫切需要建立一个融合了药物化学、药代动力学、药物靶点、药物-靶标网络、靶点-疾病网络的药理学平台。基于我们提出的中药系统药理学研究框架,本实验室建立了中药系统药理学数据库和分析平台(TcmSP)。本数据库包含了在中国药典中注册的,分布在18个不同类别中的全部499个草药,囊括了超过13600种化学成分,并建立了相关网络,映射到4631种蛋白和837种疾病。
数据库查询入口分成四类:(1)草药成分信息;(2)药代动力学信息;(3)靶点信息;(4)疾病信息。搜索结果显示草药成分、成分的分子结构、药代动力学性质以及药物-靶标网络、靶标-疾病网络。同时本数据库对每个草药成分的ADME参数提供了一个“筛选”功能,以方便筛选出符合条件的化合物。本数据库为从系统水平研究中药作用机理,开发新药以及老药改造和优化提供了一个新的平台。
1.如何进行普通检索?
答:首先选择检索项,该功能包括检索草药名称(Herb name,可以检索中文名,中文拼音,拉丁名称)、化合物名称(Chemical name),化合物的InChIKey,CAS number,靶点名称和疾病名称。 然后在搜索框输入相应内容,其中InChIKey和CAS为精确查找,其它检索项均为模糊匹配。
2.六种检索方式有什么区别?
答:CAS 和 InChIKey 为精确匹配检索,其他四种方式为模糊匹配检索。
3.如何查看和使用药物-靶点以及靶点-疾病网络图?
答:在检索结构中选择Related Targets或 Related Diseases,在二级标签中选择Network即可查看相互作用网络图;点击Save Network可以将网络图保存为XGMML格式文件,进而导入到Cytoscape等网络分析软件中进行更详细的分析。